Miasto 17 zostało zniszczone, ale Kombinat nie poddaje się. Gordon Freeman też nie.
Ludzkość się rozpierzchła i obce siły kontynuują swą walkę w uzyskaniu kontroli nad Ziemią. Fizyk Gordon Freeman i Alyx Vance muszą współpracować, by przechwycić transmisję Kombinatu i zjednoczyć się z siłami rebeliantów, zanim ludzkość zostanie zniszczona.
Episode Two, podobnie jak poprzednie części serii, jest ogółem rzecz biorąc strzelanką dla człowieka myślącego. Gra nie tylko jest pełna zagadek opartych na fizyce… ale bitwy często wymagają tyle samo pomysłowości, co refleksu.
—The New York Times
Episode Two nie tylko jest ambitniejszą grą pod względem projektu poziomów, ale sama fabuła również bardziej przykuwa uwagę. …Ukończenie gry jest tak satysfakcjonujące, jak powinno.
—Mac World
Umiejscowienie akcji poprzednich przygód gracza jest niczym więcej niż tlącą się blizną na panoramie w Episode Two i Cytadela wygląda jak ukończona dawno temu gra Jengi. …Episode Two jest dziki, niebezpieczny i fajny.
